Neutrale oplossing van lipopolysaccharide kan enkele maanden bij kamertemperatuur worden bewaard en de biologische activiteit verandert niet significant. Als het wordt bewaard bij 4 ℃ of in een koelkast met lage temperatuur, kan de biologische activiteit enkele jaren tot decennia onveranderd blijven. Droog lipopolysaccharide-neutraal poeder kan tientallen jaren of langer bij kamertemperatuur of koelkast worden bewaard zonder zijn biologische activiteit te verliezen.

Wanneer lipopolysaccharide bij kamertemperatuur in een zure oplossing wordt geplaatst, ondergaan de moleculen een gedeeltelijke afbraak. Deze verandering betreft voornamelijk de splitsing van glycosidische bindingen tussen polysaccharide en lipide A, en de splitsing van lipide A1-glucosidebindingen. Verhitting kan deze reactie bevorderen. Een sterk zure oplossing kan lipopolysaccharide volledig vernietigen onder verhittingsomstandigheden.

Alkalische factoren hebben een grote invloed op lipopolysaccharidemoleculen, voornamelijk op lipide A-moleculen. Op dit moment kunnen de 4-fosfaatesterbinding op het lipide A-skelet en de vetzuuresterbinding op de 3- en 3-positie gemakkelijk worden vernietigd, waardoor het molecuul kan splitsen. Op dit moment verliezen de afgebroken moleculen hun typische endotoxine-activiteit. Lipopolysacchariden kunnen volledig worden vernietigd onder sterk alkalische omstandigheden.