Zodra het O-antigeenpolymeer is verbonden met de kern van lipide A, zal het de polymerisatiereactie stoppen. Dat wil zeggen, de verbindingsreactie kan de polymerisatiereactie beëindigen. Zowel de kern van lipide A als het lipopolysaccharide met herhalende eenheden van verschillende lengte kunnen effectief worden overgebracht naar het buitenmembraan. Daarom kan de moleculaire grootte van lipopolysaccharide worden gezien door SDS-PAGE, wat eerder wordt veroorzaakt door het verschil in het biosynthesesysteem dan door de factor van het outputsysteem.

De verdeling van de zijketen van O-antigeen in verschillende bacteriën is verschillend, waarvan sommige ongeveer 20 herhalende eenheden bevatten en sommige ongeveer 100 herhalende eenheden kunnen zijn. Bij SDS-PAGE-elektroforese wordt het verschil in zilverkleuringsintensiteit van verschillende moleculen van verschillende bacteriesoorten weerspiegeld. De reden voor de verschillende verdeling van de zijketenlengte van O-antigeen in verschillende bacteriën kan zijn dat er een grootteselectiefactor is in het proces van O-antigeenpolycondensatie of verbindingsreactie. Wzz (d.w.z. Rol of Cld) is een belangrijk eiwit dat de verdeling van de lengte van de zijketen reguleert in bacteriën die antigenen synthetiseren via de Wzy-afhankelijke route, maar het specifieke mechanisme ervan is nog onduidelijk.