Typisch intestinaal bacterieel lipide A is 1,4-difosfaat-β 1,6 gekoppelde glycosaminodisacchariden als ruggengraat, en gekoppelde 3-hydroxyvetzuren of 3-acylcarboxylresiduen met amide- en esterbindingen. Deze structuur is niet gebruikelijk voor alle gramnegatieve bacteriën. Met name de bovenstaande structuren worden niet vaak aangetroffen in families die ver verwijderd zijn van coliforme bacteriën, zoals Bradyrhizobia.

Aanvankelijk werd de structuur van afgeleid lipide A beschouwd als een "abnormaal" lipide A-type, en nu wordt het omgedoopt tot lipide A-variant. Bijvoorbeeld Thiobacillus, Rhizobiaceae, Nitrobacter, Brucella, Chromatim Party, Chlorobium N ad son, enz. Er zijn duidelijke veranderingen in de skeletstructuur van LPS en in de vervanging ervan. De lipide A-variant heeft een overgangstype (of getransformeerde) vorm, in Rhodobacter sphaeroides wordt slechts een deel van het amide-gekoppelde 3-hydroxyvetzuur vervangen door 3-oxymyristinezuur. Als een lipide, een skeletpolysaccharide, gaat de glycosamine van gepigmenteerde bacteriën altijd gepaard met een kleine hoeveelheid 2,3-diamino-2,3-dideoxy-D-glucose (DAG) verbinding.

DAG bestaat alleen in lipide A skeletsuiker. Het uronzuurderivaat van 2,3-diamine-2,3-dideoxhexose is gemeld als een bacterieel antigeen (O-keten) van verschillende serotypen van Pseudomonas aeruginosa.

3- oxymyristinezuur: De aanwezigheid van 3-oxymyristinezuur werd voor het eerst gemeld in de Listenella anguillarum en erytroïde bacteriën. Nu kunnen in feite alle soorten en stammen van gramnegatieve bacteriën met α-3-takken worden waargenomen.

Het endotoxine met het meest significante biologische effect is heterogeen LPS, dat vaak als standaard wordt gebruikt om de celreactie te testen en onderzoek te doen naar het therapeutische effect. Het biologische activiteitsdeel van lipide A is samengesteld uit β-1,6 samengesteld uit D-glucosamine disaccharide en zes verzadigde vetzuren en twee negatief geladen fosfaatradicalen. Veranderingen in de rangschikking van deze structuren, zoals de vermindering van het aantal ladingen, de vermindering van vetacylgroepen, de verandering van de verdeling van vetacylketens en de mate van vetacylverzadiging, kunnen leiden tot de achteruitgang van hun biologische activiteiten. Het laat zien dat de verandering in de primaire structuur van endotoxine onvermijdelijk zijn fysisch-chemische werking zal beïnvloeden. Seydel et al. bevestigde dat de stereostructuur van LPS in endotoxine nauw verband houdt met de biologische effecten ervan. Verschillende driedimensionale structuren kunnen verschillende effecten produceren. Over het algemeen leidt de conische ruimtelijke structuur vaak tot het activeringseffect van cellen, terwijl de cilindrische ruimtelijke structuur van LPS vaak een antagonist is van endotoxine om de activering van cellen te remmen.